Se você já está familiarizado com a franquia Cotton, sabe que o enredo dos jogos sempre envolve os willows (um delicioso doce do mundo de Cotton), e em Cotton Fantasy não é diferente.

Os Salgueiros, pequenas criaturas doces, desaparecem do reino e a Rainha das Fadas está preocupada. Alguém precisa investigar o que está acontecendo e trazer de volta os preciosos Willows. Ela, portanto, manda a pequena fada Silk ir encontrar Cotton, que, portanto, será debochado novamente, com a promessa de poder comer quantos Salgueiros quiser, sendo particularmente gananciosa nesse assunto.

• Cotton: A heroína da história conta com seus tradicionais tiros modificados, poderes elementais e bombas de energia para exterminar grupos largos de monstros de uma vez. Também pode salvar fadinhas pelo caminho para que elas ajudem com disparos auxiliares.
• Appli: Tem mecânica de tiros e bombas iguais às de Cotton, mas pode capturar inimigos e lançá-los contra formações que estão à sua frente para fazer combos longos.
• Kawase: consegue disparar peixes diferenciados de acordo com a cor do cristal que pega. Também pesca oponentes vindos de qualquer direção e os transforma em munição para sua bazuca.
• Luffee: Dispara lasers que podem ser carregados em até três níveis de poder.
• Fine: Possui apenas um tipo de tiro, que pode ter três tipos de foco diferentes, e seu medidor de vida é um cronômetro. Quando acertada, o tempo diminui mais rápido, mas abater monstros faz o contador aumentar.
• Ria: Consegue absorver projéteis próximos para aumentar seu poder por um curto período de tempo. Tem apenas um tipo de projétil, mas duas modalidades de disparo: uma mais abrangente para a tela toda e outra concentrada em um ponto específico.
• Tacoot: Tem um sistema similar ao de Cotton, sendo influenciada por cristais coloridos. Entretanto, ela usa um bastão mágico que altera a direção dos disparos e controla a distância da rajada.